Infektionsdiagnostik

Aktuelle Information zur SARS-CoV-2 Diagnostik und Sequenzierung

27.01.2021

Wir bitten weiterhin um die Befolgung der am 30.11.2020 aktualisierten Teststrategie des RKI für die kommenden Monate:

RKI - Nationale Teststrategie

Nur durch Fokussierung auf die symptomatischen Personen und weitere Risikogruppen, können wir die notwendige Laborkapazität aufrechterhalten.

Informationen zur SARS-CoV-2 Sequenzierung

Seit Beginn der SARS-CoV-2 Pandemie werden eine Vielzahl an Virusvarianten mit einer Häufung spezieller Mutationen beobachtet. Es wird derzeit intensiv beforscht ob bzw. in welcher Form sich bestimmte Mutationen auf die Eigenschaften des Virus wie z. B. Übertragbarkeit, Virulenz oder Immunogenität auswirken.
Im Rahmen der molekulare Surveillance des RKI werden im Limbach Verbund routinemäßig entsprechend den Vorgaben der Coronavirus-Surveillance-Verordnung (CorSurV) bis zu 5% der positiven SARS-CoV-2 Proben aus der Primärdiagnostik sequenziert. Wenn die Zahl der Neuinfektionen bundesweit unter 70.000 Fälle in einer Woche beträgt, können bis zu 10% sequenziert werden. Bei der Sequenzierung wird die gesamte Genomsequenz des Virus mit Next Generation Sequenzierung analysiert. Das Ergebnis der Untersuchung wird dem Einsender als Befund zur Verfügung gestellt, sowie die Daten an das RKI übermittelt. Die Auswahl der Proben erfolgt durch einen Zufallsalgorithmus.
In Ausnahmefällen kann bei begründetem Verdacht auf eine Infektion mit einer Risiko-Virusvariante, (z. B. entsprechende Reiseanamnese oder Kontakt zu einem Patienten mit einer solchen) die Sequenzierung durchgeführt werden. Die Beauftragung muss dann über ein Gesundheitsamt erfolgen. Die Kosten für Sequenzierungen, die im Rahmen der Surveillance durchgeführt werden, werden vom Bund getragen.
Der Limbach Verbund kann die oben beschriebene Sequenzierung auch für andere Labore durchführen.

Bitte beachten Sie folgende Hinweise bei der Anforderung der Sequenzierung von positiven Proben.
Anforderung der Sequenzierung durch Labore oder andere Institutionen (Gesundheitsämter, Krankenhäuser):

• Die Proben sollten den Vorgaben der Coronavirus-Surveillance-Verordnung entsprechen
• Nur positive Proben mit Ct-Wert ≤ 25 können sequenziert werden
• maximal 5% der positiven SARS-CoV-2 aus der Vorwoche
• Proben müssen in Guanidinhydrochlorid Medium eingeschickt werden. Hierzu stellt Ihnen das Limbach Labor das entsprechende Medium zur Verfügung (PCR-Medium)
• Bitte vermerken Sie auf dem Anforderungsschein: „Corona-NGS-Surveillance 5%“

Auf dem Laborbefund wird der Nachweis oder Ausschluss UK B.1.1.7, South Africa B.1.351, Brasil B.1.1.28, Nigeria B.1.1.238, COH-20G B.1.2 angegeben.

Außerhalb der Coronavirus-Surveillance-Verordnung kann eine Vollgenomsequenzierung als Privatleistung beauftragt werden. Die Vergütung richtet sich dann nach GOÄ und ist vom Auftraggeber zu tragen.
 
Für weitere Fragen stehen wir gerne zur Verfügung.

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